Per la loro natura i contributi di bonifica sono deducibili dal reddito lordo da denunciare ai fini fiscali, ai sensi dell'art. 10 lettera a) del D.P.R. 917/1986, tuttavia tale deduzione non è sempre applicabile. Al fine di valutare se ricorrono le condizioni per applicare la deduzione è necessario conoscere sia i dati censuari dell’immobile che il regime fiscale del consorziato. Poiché l’attività di consulenza fiscale (necessaria per dirimere tali problematiche) esula dagli scopi istituzionali di questo ente, per sapere se il contributo versato nel caso specifico sia deducibile o meno è consigliabile rivolgersi ad un Centro di Assistenza Fiscale o ad un Commercialista.
La deduzione dei contributi di bonifica si esercita in relazione all'anno solare in cui è avvenuto il relativo versamento, indipendentemente dall'anno di competenza del contributo versato. Verificata la sussistenza delle condizioni per la deducibilità del contributo, è necessario conservare per intero l’avviso di pagamento e la quietanza relativa al versamento effettuato. La sola quietanza, infatti, non è sufficiente per documentare il diritto alla deduzione in quanto sia la natura del contributo versato che i dati catastali degli immobili cui esso si riferisce sono indicati solo sull’avviso.